realtimeprimers qPCR 預(yù)混液簡介
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PCR 陣列 靶向?qū)崟r PCR 引物組庫(10 uM,40 ul) 最多可進(jìn)行 200 個 PCR 陣列!每個陣列 2 美元!(基于 10 ul 反應(yīng)體積) 靈活設(shè)計(jì)自己的實(shí)驗(yàn) 微孔板包含 88 個靶向引物和 8 個管家基因引物組(每孔 20ul,10uM 濃度) 注意:引物文庫不提供引物序列 |
概述 - 定量“實(shí)時"PCR 或 qPCR
定量實(shí)時 PCR *改變了我們測量核酸濃度的能力,并且是驗(yàn)證由微陣列分析和其他基因組學(xué)技術(shù)生成的表達(dá)數(shù)據(jù)的重要步驟。實(shí)時 qPCR 儀器的開發(fā)促進(jìn)了這一點(diǎn),該儀器可測量反應(yīng)每個步驟或“實(shí)時"產(chǎn)生的 qPCR 產(chǎn)物的量。SYBR green 是目前流行的實(shí)時 PCR 方法,因?yàn)樗鄬θ菀缀涂煽俊T趯?shí)時 PCR 技術(shù)發(fā)展之前,定量測量需要建立多個 PCR 反應(yīng),以便在擴(kuò)增的線性階段捕獲 qPCR 產(chǎn)物。然后通過凝膠電泳或 HPLC 對 PCR 產(chǎn)物進(jìn)行分離和定量。這些實(shí)驗(yàn)非常費(fèi)力,實(shí)現(xiàn)正確定量所需的操作次數(shù)增加了引入錯誤的可能性。因此,可以在每個熱循環(huán)中測量 PCR 產(chǎn)物的實(shí)時 PCR 儀器的開發(fā)提高了定量 PCR 的簡便性、準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。由于實(shí)時 PCR 的發(fā)現(xiàn),出現(xiàn)了各種應(yīng)用。這些包括 1) 驗(yàn)證通過微陣列分析或下一代測序 (NGS) 獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù),2) DNA 拷貝數(shù)的測量,3) 病毒顆粒和潛在致命微生物的檢測和定量,4) 突變/SNP 分析,以及5)miRNA表達(dá)??梢栽诿總€熱循環(huán)中測量 PCR 產(chǎn)物的實(shí)時 PCR 儀器的開發(fā)提高了定量 PCR 的簡便性、準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。由于實(shí)時 PCR 的發(fā)現(xiàn),出現(xiàn)了各種應(yīng)用。這些包括 1) 驗(yàn)證通過微陣列分析或下一代測序 (NGS) 獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù),2) DNA 拷貝數(shù)的測量,3) 病毒顆粒和潛在致命微生物的檢測和定量,4) 突變/SNP 分析,以及5)miRNA表達(dá)。可以在每個熱循環(huán)中測量 PCR 產(chǎn)物的實(shí)時 PCR 儀器的開發(fā)提高了定量 PCR 的簡便性、準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。由于實(shí)時 PCR 的發(fā)現(xiàn),出現(xiàn)了各種應(yīng)用。這些包括 1) 驗(yàn)證通過微陣列分析或下一代測序 (NGS) 獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù),2) DNA 拷貝數(shù)的測量,3) 病毒顆粒和潛在致命微生物的檢測和定量,4) 突變/SNP 分析,以及5)miRNA表達(dá)。
通常,實(shí)時 PCR 協(xié)議類似于標(biāo)準(zhǔn) PCR 反應(yīng)。同樣的問題也適用于產(chǎn)生干凈的模板、設(shè)計(jì)引物和優(yōu)化反應(yīng)條件。主要區(qū)別在于加入了嵌入劑(例如 SYBR green)或使用熒光引物檢測 PCR 產(chǎn)物。在典型的反應(yīng)中,qPCR 產(chǎn)物以指數(shù)方式產(chǎn)生。因?yàn)樽銐虻漠a(chǎn)品需要幾個循環(huán)才能很容易檢測到,所以熒光與循環(huán)數(shù)的關(guān)系圖呈現(xiàn)出 S 形外觀。在隨后的循環(huán)中,反應(yīng)底物耗盡,qPCR 產(chǎn)物不再加倍,曲線開始變平。曲線上熒光量開始迅速增加的點(diǎn),通常比基線高幾個標(biāo)準(zhǔn)偏差,稱為閾值循環(huán)(Ct 值)。Ct 與模板的關(guān)系圖是線性的,因此多個反應(yīng)之間的 Ct 值比較可以計(jì)算目標(biāo)核酸的濃度。這條線的斜率提供了 qPCR 效率的度量。
PCR產(chǎn)物可以通過產(chǎn)生標(biāo)準(zhǔn)曲線來定量或相對于對照基因進(jìn)行定量?;跇?biāo)準(zhǔn)曲線的實(shí)時 PCR 定量可以利用質(zhì)粒 DNA 或其他形式的 DNA,其中每個標(biāo)準(zhǔn)的絕對濃度是已知的。然而,必須確定的是,標(biāo)準(zhǔn)品的 PCR 效率與“未知"樣本的效率相同。在某些情況下,從純化的靶標(biāo)進(jìn)行 PCR 可能比使用復(fù)雜核酸混合物觀察到的更有效。相對定量方法稍微簡單一些,因?yàn)樗枰獪y量管家或?qū)φ栈騺順?biāo)準(zhǔn)化目標(biāo)基因的表達(dá)。然而,選擇合適的對照基因可能會導(dǎo)致問題,因?yàn)樗鼈儾灰欢ㄔ谒形粗獦颖局芯缺磉_(dá)。
執(zhí)行實(shí)時 PCR 的一個關(guān)鍵方面是從高純度的模板開始。在處理一些生物樣本時,這可能具有挑戰(zhàn)性。幸運(yùn)的是,已經(jīng)開發(fā)了許多商業(yè)產(chǎn)品來促進(jìn)高純度核酸的分離。去除污染的苯酚和不需要的 DNA 是需要考慮的步驟。對于基因表達(dá)研究,必須使用高純度試劑和多次重復(fù)進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,因?yàn)榇瞬襟E可能會在模板復(fù)制中引入可變性。逆轉(zhuǎn)錄可以在實(shí)時 PCR 之前進(jìn)行,或者可以合并到擴(kuò)增程序中。
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